1. Đánh bại anh em Mỹ Lương
Cuộc chiến với anh em Mỹ Lương là trận chiến lớn đầu tiên sau khi Nguyễn Hoàng vào làm Trấn thủ Thuận Hóa. Theo như Đại Nam thực lục cho biết Anh em Mỹ Lương vốn là những người tiến thóc được làm quan, chuyên việc thu thuế ở huyện Khang Lộc. Sau khi thấy anh em Mỹ Lương thu nộp thếu có công, Nhà Lê phong Mỹ Lương làm tham đốc, Văn Lan, Nghĩa Sơn làm thự vệ, giao cho cai quản việc thu tô thuế ở xứ Thuận Hóa. Năm 1571, Trịnh Kiểm ra lệnh cho anh em Mỹ Lương ngầm tiêu diệt Nguyễn Hoàng “Nay chúa Tiên vào trấn thủ hai xứ Thuận, Quảng, Minh Khang Vương ngầm sai hai anh em Mỹ lựa chọn binh lính khỏe mạnh người bản xứ nhân lúc sơ hở mà đánh úp để dứt mối lo về sau, xong việc sẽ có gia thăng trọng thưởng” . Nhưng với một tướng tài đã đánh hàng chục trận, cùng với sự đồng lòng của các tướng và binh lính, quân đội Thuận Quảng do Nguyễn Hoàng chỉ huy nhanh chống tiêu diệt Mỹ Lương và Nghĩa Sơn, còn Văn Lang bỏ quân chạy về phía Bắc với quân Trịnh “Quân Văn Lan thua, trốn về với Trịnh. [Thế là] dẹp hết đảng giặc. Chúa đem quân về”.

                                                                                             Chúa Nguyễn Hoàng cho dựng chùa Thiên Mụ để  tụ khi thiêng, cho bền long mạch

2. Đánh bại Lập Bạo
Ngay khi vừa mới tiêu diệt anh em Mỹ Lương, một năm sau [1572] chúa Nguyễn Hoàng lại tiếp tục gặp cản trở rất lớn thứ hai đó là phải đương đầu với đội quân nhà Mạc do tướng Lập Bạo chỉ huy.
 Mới củng cố được phần nào vùng đất Thuận Quảng, Nguyễn Hoàng đứng trước nguy cơ bị tiêu diệt một lần nữa, khi phải đụng độ với thế lực nhà Mạc, đó là tướng Lập Bạo. Lập Bạo với quân đông tướng mạnh huy động 60 binh thuyền từ vùng châu Bố Chính đưa quân vào đánh cướp. Mặc dù theo chân Nguyễn Hoàng là một đội quân tinh nhuệ, trung thành nhưng trước một lực lượng hùng hậu, cùng với được rèn luyện qua chinh chiến như đội quân của Lập Bạo là một mối nguy lớn. Trước nguy cơ đó, Nguyễn Hoàng đã ngày đêm tính kế để tiêu diệt Lập Bạo. Nhờ được sự báo mộng nên chúa đã dùng kế mỹ nhân để dụ và tiêu diệt được Lập Bạo. Chúa sai Ngô thị là thị nữ có sắc đẹp và có khiếu ăn nói mang vàng bạc đi làm thuyết khách để hẹn Lập Bạo ra chỗ bờ sông, nơi Nguyễn Hoàng được báo mộng là tiêu diệt được quân địch. Lập Bạo vì say mê sắc đẹp và những lời nói uyển chuyển của Ngô Thị nên đã không chút nghi ngờ cùng với vài chục quân lính ra chỗ hẹn để cùng giảng hòa. Quân của Nguyễn Hoàng chờ chỉ có thể, nổi dậy tiêu diệt Lập Bạo. Đây là chiến công lớn thứ hai của quân đội Thuận Quảng dưới sự chỉ huy của Nguyễn Hoàng. Sau khi bắt được tù binh, Nguyễn Hoàng cho toàn bộ lên ở đất Cồn Tiên (xã Hải Thái, Gio Linh, Quảng Trị ngày nay) để khai phá đất đai chủ yếu để trồng tiêu, chè, đặt làm 36 phường.

3. Củng cố biên giới phía Nam
Năm 1570, sau khi triệu tổng binh Quảng Nam là Nguyễn Bá Quýnh về trấn thủ Nghệ An, vua Lê ban cho Nguyễn Hoàng được kiêm quản luôn hai xứ là Thuận Hóa và Quảng Nam. 
Được kiêm quản luôn hai xứ càng làm cho thế và lực của chúa Nguyễn Hoàng được tăng thêm, nhưng đó cũng là lúc phải đối diện thêm một thách thức mới là sự nỗi dậy của thổ mục ở vùng núi Quảng Nam và sự quấy phá phía Nam của quân Champa.
Năm 1571, ở Quảng Nam có bọn thổ mục nổi loạn, cướp giết lẫn nhau. Chúa sai thuộc tướng là Mai Đình Dũng dẹp yên, nhân đấy, sai ở lại giữ đất để thu phục vỗ yên tàn quân . 
Năm mậu dần 1578, sau khi quân Champa cho cướp phá nên chúa sai Lương Văn Chánh đánh phá được, sau đó cho chiêu tập dân Xiêm khai khẩn đất hoang .
Năm 1611, nhân việc quân Champa xâm lấn biên giới chúa Nguyễn Hoàng cho quân đánh và lập nên phủ Phú Yên, đây là hoạt động đầu tiên trong công cuộc mở rộng lãnh thổ của các chúa Nguyễn “Tân hợi, năm thứ 54 [1611], bắt đầu đặt phủ Phú Yên. Bấy giờ quân Chiêm Thành xâm lấn biên giới. Chúa sai chủ sự là Văn Phong (không rõ họ) đem quân đi đánh lấy được [đất ấy], bèn đặt làm một phủ, cho hai huyện Đông Xuân và Tuy Hòa lệ thuộc vào. Nhân sai Văn Phong  làm lưu thủ ấy” . Xứ Quảng đã trở thành một bàn đạp vững chắc để cho Nguyễn Hoàng và các vị chúa tiếp theo vươn lãnh thổ xuống phía Nam và sau này đến thời chúa Nguyễn Phúc Khoát đã hoàn thiện việc Nam tiến của dân tộc. 

Dấu tích dinh Trấn Thanh Chiêm

Năm 1585, quân đội chúa Nguyễn Hoàng dưới sự chỉ huy của Hoàng tử thứ sáu Nguyễn Phúc Nguyên đánh thắng cướp biển Bạch Tân Hiển Qúy (Shirahama Kenki)  tại cửa biển Cửa Việt (Quảng Trị).

4. Ra Bắc giúp nhà Lê-Trịnh đánh quân Mạc và Thổ phỉ
Ngay khi ổn định được tình hình tại Thuận Quảng, quân đội lại theo chân Nguyễn Hoàng ra Bắc giúp nhà Lê-Trịnh đánh quân Mạc và thổ phỉ với gần một thập kỷ chinh chiến (1592-1600). Ngay trận chiến đầu tiên khi ra Bắc giúp vua Lê đánh nhà Mạc, quân đội Thuận Quảng đã nhận một nhiệm vụ rất khó khăn, đưa quân đi đánh tướng nhà Mạc có tên là Kiến và Nghĩa. Vì trước đó các tướng của nhà Lê là Bùi Văn Khuê và Trần Bách Niên đánh không được. 
Tháng 5 năm 1592, Nguyễn Hoàng cùng binh quyền ra Bắc, ngay khi yết kiến xong vua Lê và Trường Quốc Công Trịnh Tùng, quân đội Thuận Quảng phải hành quân đánh quân Mạc dưới sự chỉ huy của chúa “Bấy giờ tướng Mạc là Kiến và Nghĩa (hai người đều không rõ họ, tự xưng quận công) đều tụ họp có tới mấy vạn quân, Kiến chiếm giữ phủ Kiến Xương, đắp lũy đất ở bên sông, Nghĩa chiếm giữ huyện Thanh Lan (nay là huyện Thanh Quan), cắm cọc gỗ ở sông Hoàng Giang để chống cự nhà Lê. Tướng nhà Lê là Bùi Văn Khuê và Trần Bách Niên đánh không được. Chúa đốc suất tướng sĩ bản dinh, thống lãnh chiến thuyền của thủy quân các xứ nối tiến, dùng hỏa khí và đại bác đánh phá tan, chém được Kiến và Nghĩa tại trận, bắt sống, chém chết hàng vạn. Trấn Sơn Nam (nay là Nam Định) được dẹp xong. Mạc Kính Chương (tự xưng Tráng vương) lại cùng đồ đảng chiếm giữ Hải Dương. Chúa dời quân sang đánh dẹp được, bắt sống không  xiết kể” . Quân đội Thuận Quảng làm nồng cốt dưới sự chỉ huy của Nguyễn Hoàng trận nào đánh đều cũng dành chiến thắng “Bấy giờ chúa đã ở Đông Đô 8 năm, đánh dẹp bốn phương đều thắng” . Điều đó để thấy được rằng quân đội chúa Nguyễn ngay từ đầu đã là một đội quân tinh nhuệ, thiện chiến, đặc biệt là một lòng trung thành với Nguyễn Hoàng, đây là điều cần thiết nhất trong việc binh. Trong cuộc chiến này chúa Nguyễn Hoàng cũng đã mất đi hai người con và cũng hai là hai vị tướng tài năng đó là hoàng tử thứ hai (tên Hán) và thứ tư  (tên Diễn có tên nữa là Miện) “trong chiến dịch Sơn Nam, hoàng tử thứ hai là Hán (làm quan triều Lê, có quân công được làm Tả đô đốc Lỵ quân công) theo chúa đi đánh giặc, ra sức đánh, mất tại trận. Vua Lê truy tặng tước Lỵ Nhân công (có thuyết là Lỵ Trung công)” . Đối với Hoàng tử thứ tư cũng mất trong chiến trận khi đánh quân thổ phỉ ở Hải Dương được vua Lê truy tặng Thái phó.
Tướng sĩ đoàn kết cùng với tài cầm quân tài giỏi của Nguyễn Hoàng, không những chinh chiến ngoài Bắc đánh cho quân nhà Mạc bại trận, thổ phỉ khiếp sợ mà đến khi Nguyễn Hoàng muốn về lại Thuận Quảng thì đội quân này cũng một lòng trung nghĩa, lặng lẽ làm theo kế hoạch, tất cả về lại Thuận Quảng một cách an toàn nhất. 
Với những chiến công lớn bước đầu của quân đội, tạo cho Nguyễn Hoàng thoát được cái họa “diệt thân” khi đi vào chốn “Ô châu ác địa” và thoát khỏi được khỏi “hang hùm” của nhà Trịnh, từ đó đã đặt nền móng vững chắc cho chúa xây dựng cơ nghiệp “vạn đại dung thân” trên vùng đất Thuận Quảng. 
Sau khi chúa Nguyễn Hoàng về lại vùng Thuận Quảng, quân đội lúc này đã phát triển vững mạnh đủ các loại binh chủng, bảo vệ vững chắc cho vùng Thuận Quảng. Đó là tiền đề vững chắc để phát triển sự nghiệp lâu dài của Nguyễn Hoàng trên vùng đất Thuận Quảng, vì thế trước khi qua đời chúa cầm tay hoàng tử thứ sáu, người sau này được nối ngôi dặn bảo rằng: “Đất Thuận Quảng phía bắc có núi Ngang [Hoành Sơn] và sông Gianh [Linh Giang] hiểm trở, phía nam ở núi Hải Vân và núi Đá Bia [Thạch Bi sơn] vững bền. Núi sẵn vàng sắt, biển có cá muối, thật là đất dụng võ của người anh hùng. Nếu biết dạy dân luyện binh để chống chọi với họ Trịnh thì đủ xây dựng cơ nghiệp muôn đời. Ví bằng thế lực không địch được, thì cố giữ vững đất đai để chờ cơ hội, chứ đừng bỏ qua lời dặn của ta”. Hoàng tử thứ sáu và các thân thần khóc lạy vâng mệnh. Ngày ấy chúa băng. Ở ngôi 56 năm, thọ 89 tuổi” .

Chú thích:

1. Nguyễn Khoa Chiêm (2016), Nam triều công nghiệp diễn chí, Ngô Đức Thọ và Nguyễn Thị Thúy Nga dịch, chú và giới thiệu, Nxb Khoa học xã hội, Hà Nội, tr.33. 
2, 3, 5, 7, 8, 10,  Quốc sử quán triều Nguyễn (2007), Đại Nam thực lục, t.1, Nxb Giáo dục, tr.30; tr.30; tr.36; tr.33; tr.34; tr.33; tr.37.
4. Quốc Sử Quán triều Nguyễn (2013), Đại Nam liệt truyện, Nxb Thuận Hóa, t.1-2,  tr.73.
6. Xin phần xác lập và bảo vệ chủ quyền biển đảo để biết rõ hơn  sự kiện quân đội chúa Nguyễn Hoàng đánh thắng cướp biển Bạch Tân Hiển Qúy (Shirahama Kenki).